La Gerencia Operativa es un órgano Funcional del Consejo de Cuenca, que de acuerdo a la LAN (Ley de Aguas Nacionales), tiene funciones internas de carácter técnico, administrativo y jurídico y depende del Consejo de Cuenca a través de la Comisión de Operación y Vigilancia (COVI).

Las obligaciónes en términos generales de la Gerencia Operativa son:

• Apoyar a la COVI en el cumplimiento de los objetivos.
• Apoyar a la COVI en la difusión de las actividades del Consejo de Cuenca.
• Apoyar a la COVI en el impulso a la participación de los usuarios y la sociedad organizada en las actividades del Consejo de Cuenca.

Con la finalidad de cumplir con los objetivos establecidos y brindar el mejor servicio, el Consejo de Cuenca del Rio Santiago está integrado por las siguientes áreas de trabajo;