La Comisión de Operación y Vigilancia es un órgano de carácter funcional y su objetivo es el siguiente:

• Implementar, dar seguimiento y evaluar periódicamente las acciones y acuerdos que tome el Consejo de Cuenca.
• Reunir y analizar información que permita la eficaz toma de decisiones.
• Aprobar la creación o extinción de los órganos auxiliares del Consejo de Cuenca y de los GET.
• Participar en los estudios técnicos que cita la LAN (Ley de Aguas Nacionales), así como las demás funciones que se encomienden por acuerdo de los integrantes del Consejo de Cuenca.

La COVI se reúne ordinariamente al menos cada cuatro meses, y extraordinariamente, cuando es necesario.