Es un órgano Auxiliar del consejo de cuenca con ámbito de acción a nivel de micro cuenca o grupo de micro cuenca, correspondientes a una subcuenta específica. Podrá constituirse por acuerdo de los integrantes del Consejo de Cuenca o de Comisión de Operación y Vigilancia (COVI).

El ámbito territorial de las Comisiones se establecerá en su correspondiente acta de instalación. Podrán participar usuarios de aguas nacionales, representantes gubernamentales, representantes de la sociedad organizada y del sector académico.

Los objetivos de las comisiones de cuenca estarán enfocados a la problemática de su ámbito, tomando en cuenta como marco de referencia los objetivos generales del Consejo.

Funciones:

• Promover la gestión integrada de los recursos hídricos.
• Participar en la elaboración de estudios, en la propuesta de programas de gestión así como en la ejecución de acciones que se deriven de ellos.
• Promover el mejoramiento de la calidad del agua y propiciar su saneamiento.
• Promover la participación de los usuarios en la programación hídrica.
• Vincularse con las organizaciones de usuarios de aguas nacionales subterráneas a fin de establecer programas y acciones conjuntas que contribuyan a los objetivos y funciones.
• Las demás que le confiera el consejo de cuenca o la COVI.